Il problema dell'autografia dei due San Francesco, entrambi attribuiti tradizionalmen­te a Caravaggio, è emerso nel 1968, quando nella Chiesa di San Pietro a Carpineto Romano fu ritrovato un San Francesco del tutto identico a quello conservato in Santa Maria della Concezione a Roma, considerato da tutti fino a quel momento opera di Ca­ravaggio. Si è aperto, da allora, un complesso dibattito attributivo risolto solo nel 2000 a seguito del restauro e delle analisi scientifiche condotte simultaneamente sui due quadri e che hanno dimostrato, senza dubbio, l'autografia della tela di Carpineto (Vodret 2004).

		Olio su tela cm 124x93 Carpineto Romano (Roma), chiesa San Pietro Apostolo, (in deposito presso la galleria Nazionale d'Arte Antica, Palazzo Barberini, Roma)
Dipinto proveniente dalla chiesa di San Pietro a Carpineto Romano	Dipinto proveniente da Santa Maria della Concezione a Roma

Il quadro di Carpineto mostra un san Francesco che "tradisce" pentimenti:
- nella mano che tiene il teschio, mentre prima lo avvolgeva;
- nella mazzetta, il cappuccio dell'ordine cappuccino, che Caravaggio smussa poiché in origine il quadro 
  doveva essere per i francescani, che portano un cappuccio appuntito;
- nelle tracce di malachite trovate nell'impasto, che donano un cromatismo freddo ai colori e che sono una
  peculiarità del pittore;
- nel cinabro utilizzato per colorare di rosso il naso e le orecchie del santo, filologicamente in linea con le
  scritture e con il 'realismo' caravaggesco.

Dettagli che nel quadro della Concezione non appaiono, il che significa che questo è una copia dell'altro, perché non esiste un copista che ha dei "pentimenti", dato che il soggetto lo deve solo riprodurre. Il quadro della Concezione è composto poi da "velature" che Caravaggio usa solo in una occasione.
E ancora, Caravaggio alla data del 1519 ca. è in Sicilia per via dell'omicidio che ha commesso a Roma. L'Ordine dei Cordiglieri (Francescani) gli commissiona una tela e il cordone - simbolo dell'ordine - è ostentato nel quadro di Carpineto, inoltre l'iconografia di Francesco che medita sul teschio della "vanitas mundi" è prerogativa del sud d'Italia, dato che altrove Francesco è sempre raffigurato gioioso, finanche quando riceve le stimmate sul Monte Averna. Inoltre la spalla scoperta è caratteristica tipica dell'iconografia francescana siciliana, è la sesta piaga, provocata dalla croce sulla spalla. Infine ci sono le unghie, nel Francesco di Carpineto sono mozze, tagliate con cesoie, simbolo di povertà, mentre in quello della Concezione sono levigate, abbellimento stilistico tipico della Copia.

Ma chi è il copista del quadro di Carpineto?
E' Bartolomeo Manfredi, continuatore pedissequo dello stile caravaggesco, tanto che istituí un metodo, "Manfrediana Metodus", proprio per eseguire analogicamente le opere di Michelangelo Merisi.