Nel 1968 la storica dell'arte Maria Teresa Brugnoli osservando il dipinto con San Francesco a Carpineto Romano, in seguito ad una prima pulitura si insospettisce per la presenza di un significativo pentimento nel cappuccio del saio del santo. Inizia quindi ad analizzare minuziosamente il dipinto e a fare ricerche per risalire alle vicende della committenza della tela. I risultati appaiono rilevanti: dai documenti emerge la figura del cardinal Pietro Aldobrandini come committente del dipinto e fondatore della Chiesa di San Pietro.
Dai restauri sotto al cappuccio del saio dalla forma arrotondata, caratteristica della veste dei padri riformati, risulta una versione precedente dalla forma "a punta", tipica dell'ordine dei cappuccini. Bisogna sapere che il convento di Carpineto in un primo momento doveva essere affidato ai cappuccini mentre in seguito venne consegnato ai frati minori riformati; questo cambiamento coincide a tutti gli effetti con il ripensamento operato dal pittore sul cappuccio del santo e aiuta a datare il dipinto negli anni appena precedenti l'erezione del convento (1609).
Inutile dire che la presenza di correzioni nel dipinto in corso d'opera autorizza a pensare ad un'opera originale piuttosto che ad una copia.
Caravaggio in fuga da Roma si era rifugiato nei feudi Colonna, confinanti con quelli degli Aldobrandini: ipotizzare che Pietro Aldobrandini abbia commissionato il quadro con San Francesco a Caravaggio non risulta quindi così improbabile.